El 25 de noviembre de 2017 fue asesinado Rafael Nahuel durante un operativo llevado adelante por la Prefectura Naval Argentina (PNA) en Villa Mascardi, Río Negro. Ese mismo día velaban en 25 de Mayo a Santiago Maldonado, quien estuvo desaparecido durante 77 días tras la represión de Gendarmería Nacional en Resistencia de Cushamen, Chubut. En el marco de la investigación por la muerte de Nahuel, la Cámara Federal de General Roca procesó con prisión preventiva a un integrante de la PNA acusado de haberlo matado y denunció hostigamientos por parte del Ministerio de Seguridad a cargo de Patricia Bullrich.
Los magistrados Richar Fernando Gallego, Mariano Roberto Lozano y Ricardo Guido Barreiro fallaron en el marco de la causa por homicidio simple en concurso real con atentado agravado a mano armada y expresaron que no hay pruebas de que se haya tratado de un enfrentamiento, y en cambio sí muchos indicios de persecución a los mapuches por parte de las fuerzas de seguridad, que desobedecieron el mandato judicial que habían recibido. Como consecuencia de esta acusación, ordenaron que el Ministerio Público Fiscal investigue el crimen.
Además, en el escrito sostuvieron que es notoria la intención del Ministerio de Seguridad de la defensa «irrestricta de los funcionarios de las fuerzas de seguridad involucrados en episodios bajo investigación judicial. Y lo ha hecho no con la mesura, la distancia y el respeto por la división de poderes que exige la República, sino con intervenciones que no toman en cuenta el trámite de las causas judiciales». En esta línea, cuestionaron que el Ministerio a cargo de Bullrich no haya respetado los tiempos judiciales y que se haya expresado en medios de comunicación en defensa de los miembros de la PNA.
Los jueces se pronunciaron en relación con las declaraciones de los prefectos imputados, quienes replicaron el relato impulsado por Bullrich, y consideraron que se trata de otro intento de intervenir en la investigación en curso. «Si luego ese anticipo, elaborado en la sede ministerial, se transforma en la columna vertebral del discurso del único imputado que se aviene a declarar, el asunto cobra mayor gravedad porque revela un franco propósito de condicionar el curso de la pesquisa delineando, de antemano, la versión de los protagonistas», afirmaron.
En relación con este punto, los jueces citaron algunos artículos periodísticos que evidencian el discurso difundido por el gobierno nacional y recordaron que al día siguiente del fusilamiento de Nahuel el «Ministerio de Seguridad dio una extensa versión de lo sucedido mediante un comunicado suscripto por Carlos Cortés, Director de Comunicación de la cartera. Lo más curioso del asunto es que al finalizar ese día la causa contaba con apenas 85 fojas, lo que sin embargo no fue obstáculo para elaborar, vaya a saberse en base a qué elementos, dar a publicidad una completa versión oficial del hecho según la fuente ministerial».
Finalmente, revocaron los procesamientos y dictaron la falta de mérito a favor de Carlos Valentín Sosa, Sergio Guillermo Cavia, Sergio Damián García y Juan Ramón Obregón. Sin embargo, rechazaron el recurso de apelación de Francisco Javier Pintos y dictaron su prisión preventiva.
